安徽医学高等专科学校有生物制药技术、智能医疗装备技术、临床医学、口腔医学、口腔医院技术、眼视光技术、护理、助产、药学、中药学、医学检验技术、口腔医学技术、卫生检验与检疫技术、康复治疗技术、卫生信息管理、预防医学、老年医学与保健专业。

学校设有临床医学院（全科医学院）、口腔医学院、医学技术学院、护理学院、公共卫生与健康管理学院、药学院、公共基础学院、基础医学院、马克思主义学院、第一临床学院、国际教育学院、继续教育学院等12个学院。

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安徽医学高等专科学校招收专业有临床医学 护理学 预防医学 医学影像学 药学 中医学等等。